Pour tes jeux, layeredFS est activé par défaut avec SX OS. Mais il peut être la cause de ton problème. Après, comment jouer là dessus avec le CFW, aucune idée. Via d'autres CFW ou bootloader, les possibilités sont plus accessibles à ce niveau là.
Pour ce qui du reste, c'est à toi de voir car beaucoup ont résolu le problème en allant sur une version de firmware supérieur jusqu'à la 6.1.0 max.
Pour ce qui est du format, il est possible de l'activer dans n'importe quelle version de firmware via la solution dans la FAQ ou via ChoiDujourNX en choisissant le Firmware avec l'option exFat.
Je ne dis pas que tu dois le faire, je te donne des pistes. La décision t'appartient.
Pour ce qui est des jeux, d'une source à l'autre, c'est facilement les mêmes pour l'avoir vérifié mais encore une fois, c'est une piste comme une autre.