idem, j'utilise
PS3 Media Server (qui intègre d'ailleurs l'encodeur tsMuxer) et y'a pas à s'emmerder à manipuler les fichiers, vous configurez juste le partage et BOOM, il transcode tout à la volée sans aucun soucis dans un flux totalement compatible avec la console.
à noter que pour les MKV, si vous les transcodez via PMS, il faut tout de même un PC un poil véloce (Core 2 Duo vivement requis !) et évidemment une liaison Ethernet est à privilégier (car en Wifi, la HD passe difficilement... surtout au dessus de 720p)
enfin bref, ne vous prenez pas la tête à encoder / convertir vos fichiers vidéos de tout horizon, PMS le fera pour vous automatiquement. Ce soft transforme la PS3 en platine de salon HD la plus évolutive qui soit (à part un PC MediaCenter, je vois pas mieux

) et ça marche aussi bien sous Windows que sous OSX !