Alors procédons par ordre
1/ Non ça ne sert plus à rien le 6.60 etant le dernier fw officiel en date, il lance l'integralité des jeux
2/ Même chose qu'au dessus, le prometheus n'est plus utile en 6.60
La seule chose qui pourrait eventuellement poser pribleme concernant ces deux points, c'est que parfois une save créée à partir d'un iso patché (ou sur lequel on utilise les modules prométhéus) ne sont plus forcement compatible avec un iso clean (ce n'est aps systematique mais j'ai déjà constaté ça plusieurs fois sur certains de mes jeux)
A la limite donc, si tu te retrouves dans ce genre de cas, dans l'absolu tu peux voir en utilisant un logiciel du nom d'ISOTool qui permet de patcher un iso clean pour qu'il soit compatible avec les versions inférieures de CF
Généralement ces iso fonctionnent tout de même en 6.60 et c'est toujours plus stable que d'utiliser les modules externes qui patchent la RAM à la volée pendant que le jeu tourne. En théorie les saves devraient donc refonctionner sur ce type d'iso modifié

3/ Dans seplugins c'est generalement des plugins, là actuelelment celui qui t'interesse est le popsloader mais comme faut que tu le reinstalles completement, il est donc inutile de conserver l'ancien
Concernant les autres fichiers, tout depend de ce que tu avais d'instakllké.
Les CF (ou light CF) installent egalement certains fichier txt ou des fonts etc... qui servent à la raduction du recovery menu ou du VSH par exemple mais bon en reinstallant un CF ça aussi sera remis en place ainsi que le plugins leda.prx qui sert à avoir une certaine retro compatibilité avec de vieux homebrews
Concernant les fichiers GBA, normalement il n'ont strictement rien à faire dans ce dossier
Le mieux donc, c'est que tu conserves des copies de tes anciennes MS sur ton pc pour ne rien perdre, et de repartir sur une base totalement clean
Là tu reinstalles ton nouveau CF et ton nouveau popsloader, tu restaures tes saves, puis tu testes, tu verras bien si quelque chose ne va pas et au pire il te restera tes copies de sauvegarde en cas de besoin
l'emulateur GBA, tant qu'à faire tu le reinstalleras aussi (en version plus recente je pense)